Le dossier est établi en sept exemplaires qui sont adressés au préfet du département où est située l'installation, accompagné du versement prévu à l'article 90-II de la loi du 31 décembre 1992 susvisée.
Le cas échéant, les renseignements couverts par le secret industriel et commercial ou protégés par la loi, ou dont la divulgation pourrait porter préjudice aux intérêts de l'exploitant, sont communiqués sous pli séparé fermé destiné directement au secrétaire de la commission de génie génétique en cinq exemplaires.
Dans ce cas, ces renseignements font l'objet d'un résumé succinct ne contenant pas d'informations confidentielles.