La zone de rejet doit être suffisamment éloignée des espèces protégées et de leurs habitats pour ne pas entraîner de dégradation durable.
L'implantation et la gestion de la zone de rejet tiennent compte de la proximité des différents usages du milieu aquatique, notamment de la baignade, des activités conchylicoles, des cultures marines, de la pêche et de la navigation.

Les opérations de dragages ou les rejets y afférent sont réalisés dans le respect de la séquence « éviter, réduire, compenser » définie au 2° de l'article L. 110-1 du code de l'environnement afin d'éviter des atteintes à l'environnement, de réduire celles qui n'ont pu être suffisamment évitées et de compenser les effets notables qui n'ont pu être ni évités, ni suffisamment réduits.
A cette fin, les opérations de dragage ou les rejets y afférent sont conduits de manière à minimiser leur impact sur l'environnement et notamment les impacts sur les habitats naturels et les espèces protégées dans le respect de la réglementation relative à la protection du patrimoine naturel prévue par le titre 1er du livre IV du code de l'environnement.
Le maître d'ouvrage, pour cela, met en œuvre la solution la moins dommageable pour l'environnement à un coût économiquement acceptable, comparativement aux autres solutions envisageables.
Le rejet de dragage ne doit pas altérer notablement la qualité des eaux nécessaire aux usages tels que baignade, loisirs nautiques, conchyliculture ou cultures marines, notamment lors des périodes habituelles de commercialisation des produits de la mer ou de baignade.

Toutes dispositions sont prises par le maître d'ouvrage pour porter à la connaissance des navigateurs et des gestionnaires d'espaces naturels concernés les caractéristiques de l'opération avant le début des travaux, (date du chantier, localisation du dragage et du rejet, signalisation mise en place…).