Le directeur général du SHOM nomme le directeur de chaque groupe hydrographique et océanographique.
Ces directeurs sont chefs de service au sens de la réglementation sur l'hygiène, la sécurité et les conditions de travail.
Ils sont responsables de l'exécution du programme annuel et de l'emploi opérationnel de l'ensemble des moyens confiés au groupe ou mis temporairement à sa disposition pour l'exécution des travaux hydro-océanographiques.
Les directeurs techniques de chaque groupe hydrographique et océanographique sont nommés par le directeur général parmi le personnel du SHOM ayant les qualifications reconnues par l'organisation hydrographique internationale pour l'exercice de responsabilités en matière de sécurité de la navigation.
Ils sont responsables de la qualité des travaux, en particulier de leur conformité aux normes nationales ou internationales.