Le programme d'activité de chaque groupe hydrographique et océanographique est défini par le directeur général du SHOM en fonction du contrat d'objectifs et de moyens passé par cet établissement. Ce programme est révisé annuellement.
Dans les départements et régions d'outre-mer, les collectivités d'outre-mer régies par l'article 74 de la Constitution et en Nouvelle-Calédonie, des conventions peuvent préciser des modalités particulières d'établissement des programmes d'activité des groupes hydrographiques et océanographiques.
Des travaux non programmés peuvent être entrepris en complément ou en remplacement des travaux programmés, afin de répondre à des situations d'urgence dans les limites fixées par le conseil d'administration.