L'arrêt de la pêche de l'anchois entraîne des pertes économiques, notées « Pe ».
La période indicative pour établir la perte économique, notée « Pe », des bénéficiaires est :
Pour les chalutiers, la période de la pêche de l'anchois, du 1er juin au 30 juin, c'est-à-dire 30 jours (N = 30 jours).
Pour les bolincheurs, l'année comptée du 10 janvier au 30 novembre (N = 326 jours).
Il s'agit par conséquent d'estimer la perte liée à un arrêt de pêche de 15 ou 30 jours maximum respectivement pour les chalutiers pélagiques et pour les bolincheurs à partir des données historiques :

Pe = (T × E × M) / N

avec E : valeur moyenne de la pêche, toutes espèces confondues, toutes zones confondues pendant la période indicative sur les années 2000, 2001, 2002, 2003 et 2004 ;
avec T : taux à appliquer pour défalquer les charges variables non supportées par les bénéficiaires durant un arrêt par rapport aux activités de pêche ;
T = 60 % pour les chalutiers, car en moyenne les charges de carburant, engins... représentent 40 % du chiffre d'affaires ;
T = 90 % pour les bolincheurs, car en moyenne les charges de carburant, engins... représentent 10 % du chiffre d'affaires ;
avec N : nombre de jours sur la période indicative ;
avec M : nombre de jours de la période d'arrêt que le navire effectue.
Pour les bolincheurs ayant bénéficié d'aides en 2008, le calcul de la perte économique effectué précédemment sera réutilisé.