La Commission nationale de discipline délibère à huis clos, hors de la présence de l'agent mis en cause, de son défenseur, du président ou du directeur du centre régional employant cet agent, et des témoins.
Les votes sont acquis à la majorité des membres présents et ont lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres, le vote a lieu à bulletin secret.
En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.