Les informations enregistrées sont celles qui sont portées sur les trois certificats de santé dont les modèles sont fixés par les arrêtés du 2 mars 1995 et du 22 novembre 2004 susvisés, sauf celles relatives aux nom, prénom et jour de naissance de l'enfant, au jour de naissance de la mère et à l'adresse détaillée, qui est remplacée par le département de résidence.

Pour la constitution du fichier national, les services départementaux de protection maternelle et infantile transmettent annuellement par voie postale les données des certificats de santé au titre de l'année écoulée sous forme de fichiers informatiques à la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques. En cas d'impossibilité de mise à disposition de données sous forme informatique et de façon ponctuelle, les services départementaux de protection maternelle et infantile pourront transmettre les certificats sous leur forme papier, afin que la saisie soit réalisée par la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques. Après constitution du fichier national, les certificats sous leur forme papier sont retournés aux services départementaux où ils ont été émis et ceux se présentant sous forme de fichiers informatiques sont détruits : un procès-verbal est établi après constatation de cette destruction par le médecin en charge dans cette direction de la supervision du traitement. Une copie du fichier national est ensuite transmise par voie postale à l'Institut national de la santé et de la recherche médicale et à l'Institut de veille sanitaire. Les extractions régionales du fichier national sont transmises par la même voie aux services statistiques des directions régionales des affaires sanitaires et sociales.

Les organismes chargés des traitements conservent les fichiers d'exploitation constitués de ces informations jusqu'à la séance annuelle d'effacement de données nominatives suivant le sixième anniversaire des enfants concernés, en considérant pour cette opération qu'ils sont nés le premier jour du mois de naissance. Au cours de ces séances, ils suppriment de ces fichiers les informations relatives à l'identification de la maternité, au mois et à l'année de naissance de la mère, ainsi qu'aux anomalies congénitales. Des procès-verbaux constatant ces suppressions sont établis par les médecins en charge du traitement indiqués à l'article 1er. Les fichiers ainsi réduits sont conservés conformément aux dispositions du code du patrimoine.