Les commissions sont réunies, au moins une fois par an, sous la présidence du préfet de région auprès duquel est instituée la commission, ou de son représentant.
Les commissions se prononcent par un vote, après débat, sur chacune des demandes qui leur sont soumises. Le fonctionnement des commissions est en outre soumis aux dispositions du chapitre III du décret du 28 novembre 1983 susvisé.
Préalablement à la tenue des commissions, des auditions peuvent être organisées dans chaque zone à l'occasion desquelles certaines compagnies peuvent être invitées à présenter des extraits de leurs travaux aux membres des commissions.