Dans le cadre de ses activités, l'institut est assisté d'un conseil scientifique dont la vocation est d'apporter des réflexions et de l'expertise dans les domaines d'intervention de l'institut.
Sa composition et son fonctionnement sont fixés par décision du secrétaire général du ministère de la transition écologique et solidaire et du ministère de la cohésion des territoires.
Le conseil scientifique est présidé par le chef du service du pilotage et de l'évolution des services.