Le directeur de l'école doctorale est désigné après avis du conseil scientifique, sur proposition du chef d'établissement. Il est choisi parmi les professeurs et assimilés au sens des dispositions relatives à la désignation des membres du Conseil national des universités ou parmi les enseignants de rang équivalent qui ne dépendent pas du ministère de l'éducation nationale, ou parmi les personnels des établissements publics et fondations de recherche habilités à diriger des recherches ou docteur d'Etat. Il est nommé par le chef d'établissement pour la durée de l'accréditation de l'école doctorale. Son mandat peut être renouvelé sans excéder huit ans.

Lorsqu'une école doctorale est commune à plusieurs établissements, les chefs d'établissement désignent conjointement le directeur dans les conditions définies par la convention qui les associe.

Le directeur de l'école doctorale met en oeuvre le projet doctoral de l'école. Après consultation des directeurs de thèse concernés et des responsables des laboratoires dans lesquels les étudiants poursuivent leurs travaux de recherche, il fait au chef d'établissement des propositions relatives à l'attribution des bourses de DEA ou de master recherche ainsi que des allocations et bourses de recherche.

Le directeur présente chaque année un rapport d'activité de l'école doctorale et la liste des bénéficiaires des allocations de recherche et bourses devant le conseil de l'école doctorale puis le conseil scientifique de l'établissement.