Le secrétariat de la commission est assuré par les caisses nationales de sécurité sociale.
Il est placé sous l'autorité du président qui nomme le secrétaire sur proposition des caisses nationales de sécurité sociale.
Le secrétariat assure la responsabilité du fonctionnement administratif de la commission, y compris la gestion de l'ensemble des frais d'expertise scientifique.