Sur la base du contrôle réalisé sur échantillon représentatif, un certificat phytosanitaire est délivré s'il apparaît que les végétaux, produits végétaux et autres objets répondent aux exigences réglementaires phytosanitaires du pays de destination, extérieur à la Communauté européenne.
Dans le cas des autres documents ou marques définis et autorisés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé des douanes attestant de la conformité des végétaux, produits végétaux et autres objets à la réglementation phytosanitaire du pays importateur, le contrôle porte sur la conformité des autres documents ou marques.
Toutefois, dans des cas particuliers, justifiés par la difficulté de mise en évidence des organismes nuisibles, les végétaux, produits végétaux et autres objets peuvent faire l'objet d'un contrôle sanitaire en cours de production.