Dans le cas prévu au premier alinéa de l'article D. 251-25 du code rural, l'exportateur est tenu de présenter sa demande de contrôle phytosanitaire et de certificat phytosanitaire au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (service régional de la protection des végétaux) ou au directeur de l'agriculture et de la forêt (service de la protection des végétaux), pour les départements d'outre-mer dont il dépend, au moins quarante-huit heures ouvrables avant l'envoi des végétaux, produits végétaux et autres objets.

Sur la base du contrôle réalisé sur échantillon représentatif, un certificat phytosanitaire est délivré s'il apparaît que les végétaux, produits végétaux et autres objets répondent aux exigences réglementaires phytosanitaires du pays de destination, extérieur à la Communauté européenne.
Dans le cas des autres documents ou marques définis et autorisés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé des douanes attestant de la conformité des végétaux, produits végétaux et autres objets à la réglementation phytosanitaire du pays importateur, le contrôle porte sur la conformité des autres documents ou marques.
Toutefois, dans des cas particuliers, justifiés par la difficulté de mise en évidence des organismes nuisibles, les végétaux, produits végétaux et autres objets peuvent faire l'objet d'un contrôle sanitaire en cours de production.