Le centre est dirigé par un directeur nommé par le ministre de la défense, sur proposition du directeur des ressources humaines du ministère de la défense, pour une durée de trois ans, renouvelable une fois.
Le directeur du centre de formation au management du ministère de la défense est assisté d'un adjoint, nommé par arrêté du ministre de la défense sur sa proposition pour une durée de trois ans renouvelable une fois et qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Le centre comprend un comité directeur et un comité scientifique et pédagogique.