Pendant la période d'arrêt, la licence communautaire du navire est suspendue ; aucune activité de pêche maritime ou d'entretien nécessitant la mise hors d'eau du navire ne peut être pratiquée ; les navires devront rester amarrés à leur poste ; les éventuels déplacements, pour activité autre que la pêche, devront être préalablement et expressément autorisés par l'administration.
La durée maximale d'arrêt indemnisable pour chaque navire est plafonnée à soixante jours.
Les périodes d'arrêt peuvent être fractionnées en plusieurs sous-périodes dont la durée ne pourra être inférieure à cinq jours consécutifs.
Les samedis, dimanches et jours fériés ne sont comptabilisés ni pour la définition des périodes d'arrêt ni pour le calcul du montant de l'aide attribuée.
Le paiement sera proportionnel à la période d'arrêt effectivement réalisée.