Le secrétariat général du Conseil supérieur de l'Etablissement national des invalides de la marine (SCS) exerce les missions suivantes :

• préparation des textes réglementaires fixant la composition du Conseil supérieur et les relations avec les membres ;
• organisation et suivi, sous l'autorité du président du Conseil supérieur, des travaux pléniers ainsi que des travaux des commissions et des groupes de travail ;
• établissement des comptes rendus des travaux et transmission au ministre chargé de la marine marchande des avis rendus par le Conseil supérieur ;
• élaboration du rapport annuel d'activité de la direction.