La direction de l'Etablissement national des invalides de la marine comprend :

• le secrétariat général du Conseil supérieur de l'Etablissement national des invalides de la marine ;
• la sous-direction de la sécurité sociale des marins ;
• la sous-direction du personnel, de la modernisation et du pilotage des services ;
• l'agence financière et comptable ;
• le service du contrôle médical.

Le directeur de l'Etablissement national des invalides de la marine est assisté d'un directeur adjoint.