COMEDEC est exploitée par l'Agence nationale des titres sécurisés, sous la responsabilité du ministère de la justice et des libertés.
Les modalités d'intervention de l'Agence nationale des titres sécurisés sont précisées dans une convention de service adoptée en conseil d'administration en date du 13 juillet 2010 et signée en application du treizième alinéa de l'article 2 du décret n° 2007-240 du 22 février 2007 portant création de l'Agence nationale des titres sécurisés (ANTS).