Le paiement de l'aide est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation, dont la composition est fixée par note de la directrice des pêches maritimes et de l'aquaculture aux préfets des régions concernées.
Le certificat de radiation est délivré par le service des douanes sur présentation d'une attestation de destruction délivrée par les centres de sécurité des navires et sous réserve de la levée des hypothèques enregistrées auprès du conservateur des hypothèques.