Le Centre national d'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA) et, pour la Corse, l'Office de développement agricole pour la région Corse (ODARC) sont organismes responsables du paiement de l'aide.
Le versement de l'aide est effectué en une seule fois. Il intervient après notification de l'aide au bénéficiaire et en fonction des disponibilités budgétaires. Le justificatif nécessaire à la mise en paiement de l'aide correspond à la photocopie de l'attestation de qualification au titre de l'agriculture raisonnée.