L'Etat assure le financement des contreparties nationales du socle de base et des majorations nationales (en contrepartie à 80 % de FEADER).
L'Etat assure également les contreparties nationales des modulations régionales, si la région en formule la demande, sous réserve :

- d'un accord entre l'Etat et la Région sur le contenu des modulations régionales proposées ;
- du respect des enveloppes financières attribuées au niveau régional par le ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt.