Le demandeur, dès l'acceptation de sa demande par les services des affaires maritimes, s'engage à sortir de flotte son navire dans un délai de trois mois à compter de la date de décision administrative d'octroi de l'aide par le préfet de région. Ce délai peut être prorogé jusqu'à un mois maximum sur décision du préfet de région. A l'expiration de ce délai, la convention est réputée caduque. Seule la destruction est retenue comme mode de sortie de flotte.
Dans le cas où cette destruction commence par une première phase d'innavigabilité, conformément à la note de service du 16 octobre 2008 susvisée, la destruction intégrale du navire devra intervenir dans le délai fixé par le contrat établi entre le bénéficiaire et le chantier, ce délai ne pouvant être supérieur à un an à compter de l'opération d'innavigabilité. Le non-respect de ces obligations entraîne le reversement de l'aide.