L'avis de la commission des marchés ne lie pas le directeur général de l'agence. Toutefois, si celui-ci passe outre à un avis défavorable ou à des réserves accompagnant un avis favorable, il doit motiver sa décision par écrit et en rendre compte aux ministres de tutelle de l'agence et au ministre chargé du budget.

L'avis de la commission des marchés est communiqué au conseil d'administration lorsque les contrats, conventions et marchés sont soumis à son autorisation.