Le directeur de l'Ecole nationale de l'aviation civile est responsable de la mise en œuvre du programme de formation, de l'organisation des enseignements, de la pédagogie, du choix des intervenants et des autres organismes de formation auxquels il peut recourir ainsi que de l'organisation des épreuves d'évaluation, conformément aux instructions du directeur de l'aviation civile.
Durant la période de formation, les techniciens supérieurs des études et de l'exploitation élèves et stagiaires sont placés sous l'autorité du directeur de l'Ecole nationale de l'aviation civile.