L'échelon national de santé au travail en agriculture contribue à la mise en oeuvre d'une politique nationale de santé et de sécurité au travail des salariés et plus largement de santé publique. Afin de garantir la cohérence des actions menées, il coordonne la politique de santé avec celle de la prévention des risques professionnels.

Il conseille, anime et assiste les services de santé au travail dans la réalisation de leurs missions. Il assure leur coordination, notamment lors de la mise en oeuvre de la politique locale de santé au travail.

Il gère des données juridiques, administratives, statistiques et financières relatives aux service de santé au travail.

Il évalue les pratiques en santé au travail et est amené à participer aux audits des sections de santé au travail et des associations. Il participe à la formation du personnel des services de santé au travail.

Il améliore la connaissance des risques professionnels et initie ou favorise la mise en place d'études, d'actions de prévention ou de projets en santé et sécurité au travail. Il diffuse l'information relative à cette connaissance.

Pour assurer ses missions, il renforce, développe et coordonne le partenariat des services de santé au travail avec les pouvoirs publics, les organismes de recherche ou toute structure nationale, européenne ou internationale oeuvrant dans le domaine de l'hygiène, de la sécurité, de la santé au travail et de la santé publique.