La commission spécialisée maladies transmissibles réunit l'expertise scientifique nécessaire à l'analyse de l'ensemble des questions liées aux pathologies infectieuses, et notamment aux principaux risques infectieux pouvant menacer la santé de la population et à l'évaluation des stratégies de gestion de ces risques.
Est rattaché à la commission, en tant que comité technique permanent, le comité des maladies liées aux voyages et des maladies d'importation.
Les directeurs généraux de l'Institut de veille sanitaire, de l'Institut national de prévention et d'éducation pour la santé, de l'Agence nationale chargée de la sécurité sanitaire de l'alimentation de l'environnement et du travail, de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, de l'Etablissement français du sang et de la Haute Autorité de santé, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.