Les valeurs limites d'émission, ainsi que les points au niveau desquels ces valeurs sont mesurées, sont indiquées dans la déclaration.

Le rejet direct ou indirect même après épuration d'effluents dans une nappe d'eau souterraine est interdit.
Avant tout rejet à la rivière, les effluents de la pisciculture font l'objet, le cas échéant, d'un traitement permettant de ne pas dépasser les valeurs limites fixées à l'article 15.
Les valeurs limites pour les différents paramètres de rejet sont compatibles avec les objectifs de bon état écologique des eaux du cours d'eau récepteur et les dispositions du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et du schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE).
Les points de rejet des eaux issues de la pisciculture et des effluents dans le milieu naturel sont en nombre aussi réduit que possible. La déclaration précise le nombre de points de rejet utilisés.

1. L'ensemble des effluents rejetés par la pisciculture ne doit pas entraîner une élévation de température des eaux réceptrices incompatible avec la vie normale des espèces présentes dans le cours d'eau.
2. L'ensemble des effluents rejetés par la pisciculture a un pH conforme à celui de la rivière et dans tous les cas compris entre 5,5 et 8,5.
3. Le taux de saturation en oxygène dissous en sortie de la pisciculture est au minimum de 70 %. Le cas échéant, un dispositif assurant une oxygénation satisfaisante des eaux rejetées est mis en place.
4. La déclaration précise les valeurs en concentration à respecter en moyenne sur 24 heures, en différentiel amont/aval.
5. Dans le cours d'eau récepteur, en moyenne sur 24 heures, la différence de concentration des différents paramètres (MES, NH4+, NO2, PO4³―, DBO5), entre l'eau à l'entrée de la pisciculture et l'eau à 100 mètres en aval du point de rejet est compatible avec les objectifs de bon état écologique du cours d'eau récepteur, les recommandations du SDAGE et la vocation piscicole du milieu.
   Dans tous les cas, la différence de concentration, entre l'eau à l'entrée de la pisciculture et l'eau à 100 mètres en aval du point de rejet de l'effluent, des paramètres MES, NH4+, NO2, PO4³―, DBO5 ne doit pas dépasser les valeurs suivantes, dans des conditions de débit moyen du cours d'eau (débit moyen interannuel) :
   ― MES (matières en suspension) : l'augmentation de la concentration en moyenne sur 24 heures ne dépasse pas 15 mg/l ;
   ― NH4+ : l'augmentation de la concentration en moyenne sur 24 heures (NH4+) ne dépasse pas 0,5 mg/l sauf dans le cas particulier des cours d'eau froids pour lesquels la valeur ne dépasse pas 1 mg/l ;
   ― NO2 : l'augmentation de la concentration en moyenne sur 24 heures ne dépasse pas 0,3 mg/l ;
   ― PO4³― : l'augmentation de la concentration en moyenne sur 24 heures ne dépasse pas 0,5 mg/l ;
   ― DBO5 (demande biologique en oxygène) : l'augmentation de la concentration en moyenne sur 24 heures ne dépasse pas 5 mg/l.
   L'augmentation de la concentration en moyenne peut être mesurée à partir d'un protocole de prélèvement sur 24 heures pouvant être obtenu par un prélèvement continu ou au minimum par 3 prélèvements réalisés à au moins 4 heures d'intervalle.
   Une augmentation ou une diminution de la distance du point de prélèvement en aval de la pisciculture dans la limite de 300 mètres peut être autorisée par le préfet sous réserve de la préservation des intérêts visés à l'article L. 211-1 du code de l'environnement.
   Lorsqu'il existe plusieurs points de rejets, cette distance est calculée à partir du point situé le plus en aval de la pisciculture.

Lorsque les boues sont récupérées à partir des bassins et du système épuratoire, celles-ci peuvent être soumises à une épuration naturelle par le sol et son couvert végétal et épandues sur des terres agricoles, éventuellement après compostage ou toute autre méthode autorisée.
Tout épandage est subordonné à la production d'un plan d'épandage. Ce plan définit, en fonction de leur aptitude à l'épandage, les parcelles cadastrales qui pourront faire l'objet d'épandage d'effluents organiques. Il démontre que chacune des parcelles réceptrices, y compris celles mises à disposition par des tiers, est apte à permettre la valorisation agronomique des effluents.
Le plan d'épandage comporte au minimum les éléments suivants :
― identification des parcelles (références cadastrales et surface totale et épandable) regroupées par exploitant ;
― identité et adresse de l'exploitant et des prêteurs de terres qui ont souscrit un contrat écrit avec l'exploitant ;
― localisation sur une représentation cartographique à une échelle comprise entre 1/12 500 et 1/5 000 des parcelles concernées et des surfaces exclues de l'épandage en les différenciant et en indiquant les motifs d'exclusion ;
― systèmes de culture envisagés (culture en place et principales successions) ;
― caractérisation des effluents à épandre (nature, quantités prévisionnelles, rythme de production, valeur agronomique) dont leur teneur en azote et en phosphore avec indication du mode d'évaluation de cette teneur (analyses ou références) ;
― doses maximales admissibles par type d'effluent, de sol et de cultures en utilisant des références locales ;
― calendrier prévisionnel d'épandage rappelant les périodes durant lesquelles l'épandage est interdit ou inapproprié.
Les boues doivent être épandues sur le même bassin versant ou un autre bassin versant sous réserve de l'accord des services compétents.
L'ensemble de ces éléments est présenté dans un document de synthèse tenu à disposition des services chargés de la police de l'eau.
Une solution alternative d'élimination ou de valorisation des boues est prévue en cas d'impossibilité temporaire ou définitive d'épandage.
Toute modification notable du plan d'épandage doit être portée avant sa réalisation à la connaissance du préfet.
S'il apparaît nécessaire de renforcer la protection des eaux, le préfet fixe les quantités d'azote et de phosphore en fonction de l'état initial du site, du bilan global de fertilisation figurant dans l'étude d'incidence et des risques d'érosion des terrains, de ruissellement vers les eaux superficielles ou de lessivage.
L'épandage des boues est interdit :
― à moins de 50 mètres des points de prélèvement d'eau destinée à l'alimentation des collectivités humaines ou des particuliers ;
― à moins de 100 mètres de tout local habité ou occupé par des tiers, des zones de loisirs, des établissements recevant du public ;
― à moins de 200 mètres des lieux de baignade (à l'exception des piscines privées) et des plages ;
― à moins de 500 mètres des piscicultures et des zones conchylicoles, sauf dérogation liée à la topographie ou à la circulation des eaux accordée par le préfet ;
― à moins de 35 mètres des berges des cours d'eau ;
― sur les sols pris en masse par le gel ou abondamment enneigés ;
― sur les sols inondés ou détrempés ;
― pendant les périodes de forte pluviosité ;
― sur les sols non utilisés en vue d'une production agricole ;
― sur les terrains de forte pente sauf s'il est mis en place des dispositifs prévenant tout risque de ruissellement ;
― par aéro-aspersion sauf pour les effluents ayant subi un traitement épuratoire ; l'épandage par aéro-aspersion doit être pratiqué au moyen de dispositifs qui ne produisent pas d'aérosols.
Ces dispositions sont sans préjudice des dispositions édictées par les autres règles applicables et définies dans le cadre des programmes d'action en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole.

Le stockage, l'élimination et le recyclage des déchets doivent se faire conformément à la réglementation en vigueur, et notamment aux modalités prévues au niveau départemental.

Les poissons morts sont retirés des bassins et stockés dans une enceinte étanche à température réfrigérée positive ou négative en attente de leur enlèvement ou de leur destruction selon les modalités prévues par la réglementation en vigueur.

L'exploitant doit s'assurer de la mise en œuvre de dispositions visant à éviter l'introduction, le développement et la dissémination d'agents pathogènes.
L'ensemble de l'installation est entretenu et maintenu propre en permanence (peintures, plantations, engazonnement...).