L'exploitant prend les dispositions appropriées qui permettent :
― d'intégrer l'installation dans le paysage ;
― de protéger ses installations et le milieu environnant en cas d'inondation.

Le fonctionnement de la pisciculture est conforme à l'article L. 214-18 du code de l'environnement notamment pour ce qui concerne :
― la mise en place des ouvrages de prélèvement d'eau, qui ne doivent pas gêner le libre écoulement des eaux ;
― les prélèvements d'eau associés.
La déclaration précise les niveaux de prélèvements ainsi que les dispositions nécessaires à l'exploitation et à l'entretien des ouvrages de prélèvement et de comptage.
L'exploitant doit disposer d'un système ou d'une méthode, telle qu'une échelle limnimétrique, d'évaluation du débit dérivé par l'ouvrage de prise d'eau sur le cours d'eau et, le cas échéant, du débit réservé.
Dans les cours d'eau identifiés par les schémas d'aménagement et de gestion des eaux comme jouant le rôle de réservoir biologique nécessaire au maintien ou à l'atteinte du bon état écologique des cours d'eau d'un bassin versant ou dans lesquels une protection complète des poissons migrateurs vivant alternativement en eau douce et en eau salée est nécessaire, toutes dispositions sont prises pour assurer la libre circulation des poissons migrateurs du cours d'eau (avalaison et dévalaison) au moyen de passes à poissons ou autres dispositifs appropriés. A cette fin, le barrage de dérivation peut être équipé d'un dispositif de franchissement alimenté par un débit d'attrait obtenu soit en utilisant une partie de l'eau prise en amont de la prise d'eau, soit en ramenant en permanence en amont de la prise d'eau une partie de l'eau sortant de la pisciculture.
La pisciculture comporte à l'amont et à l'aval une grille fixe et permanente la délimitant empêchant la libre circulation des poissons entre l'exploitation et le cours d'eau d'implantation. La taille des mailles ou des ouvertures de la grille n'excède pas 10 millimètres. Le dossier de déclaration précise les conditions d'implantation de ces grilles.
L'exploitant est tenu d'assurer le fonctionnement et l'entretien des ouvrages de prélèvement, des dispositifs garantissant dans le lit du cours d'eau le débit minimal, des dispositifs de franchissement, des dispositifs de suivi des débits ainsi que des grilles d'amont et d'aval.

Si la pisciculture est alimentée en eau à partir d'un forage en nappe, d'un pompage en cours d'eau ou d'une source, le cas échéant, l'ouvrage de raccordement est équipé d'un dispositif de disconnexion muni d'un système de non-retour. L'exploitant met en place un compteur d'eau sur la conduite d'alimentation ou dispose d'un système ou d'une méthode d'évaluation des volumes prélevés.
Les volumes prélevés mensuellement et annuellement et le relevé de l'index du compteur d'eau ou issu du système ou de la méthode d'évaluation des volumes prélevés à la fin de chaque année civile ou de chaque campagne de prélèvement dans le cas de prélèvements saisonniers ainsi que les entretiens, contrôles et remplacements des moyens de mesure et d'évaluation font l'objet d'un enregistrement. Cet enregistrement est tenu à la disposition des services chargés de la police de l'eau.
Lors de la réalisation de forages en nappe, toutes dispositions sont prises pour éviter de mettre en communication des nappes d'eau distinctes et pour prévenir toute introduction de pollution de surface.
En cas de cessation d'utilisation d'un forage, l'exploitant prend les mesures appropriées pour l'obturation ou le comblement de cet ouvrage afin d'éviter la pollution des nappes d'eaux souterraines.
Sans préjudice des mesures prévues par le code minier, la réalisation de tout nouveau forage ou la mise hors service d'un forage est portée avant sa réalisation à la connaissance du préfet avec tous les éléments d'appréciation de l'impact hydrogéologique.

Les bassins contenant les poissons sont conçus, nettoyés et entretenus de manière à éviter la sédimentation excessive des matières en suspension. Les boues et autres déchets sont récoltés et stockés dans une structure étanche.
Lorsque les bassins de l'installation sont conçus et exploités de telle manière qu'ils puissent être vidés, nettoyés et désinfectés, ces opérations ne doivent pas avoir de conséquences nuisibles pour la vie aquatique et le biotope de la rivière.
Les ouvrages de stockage des boues sont d'une capacité suffisante, notamment pour faire face aux périodes où l'épandage est impossible. Ils sont conçus pour retenir les lixiviats générés au cours du stockage. Leur implantation, leur conception et leur exploitation minimisent les émissions d'odeurs perceptibles pour le voisinage, notamment lors des phases d'apport et de reprise des boues et évitent tout départ de boues vers le cours d'eau.

Le local écloserie-alevinage doit permettre une désinfection appropriée sans qu'il puisse en résulter de conséquences nuisibles pour la vie aquatique et le biotope de la rivière. Le cas échéant, les effluents sont collectés et traités avant tout rejet à la rivière.

Les produits de nettoyage, de désinfection, de traitement et les produits dangereux sont stockés dans des conditions propres à éviter tout déversement accidentel dans le milieu naturel et tous risques pour la sécurité et la santé des populations avoisinantes et pour la protection de l'environnement. Le sol des aires et des locaux de stockage ou de manipulation de ces produits doit être étanche et équipé de façon à pouvoir recueillir les eaux de lavage et les produits répandus accidentellement. Un seuil surélevé par rapport au niveau du sol ou tout dispositif équivalent sépare entre eux les différents locaux ou aires de stockage ou de manipulation de ces produits et les sépare de l'extérieur. Les matières recueillies sont récupérées et recyclées ou traitées ou éliminées dans des installations habilitées à les recevoir dans les conditions fixées par la réglementation en vigueur.

Le réseau de collecte des eaux, autres que celles sortant des bassins d'élevage et des eaux de pluies, est de type séparatif permettant d'isoler les eaux résiduaires polluées. Ces eaux sont dirigées vers le réseau collectif d'assainissement ou traitées par un dispositif d'assainissement non collectif.
Les eaux de pluie provenant des toitures ne sont pas mélangées aux effluents. Elles sont collectées par une gouttière et sont soit stockées en vue d'une utilisation ultérieure, soit évacuées vers le milieu naturel sans préjudice pour l'environnement.