Pour l'application des dispositions du titre II du livre II du code rural et de la pêche maritime relatives à la lutte contre les maladies des animaux, et notamment celles de l'article R. 221-11 du code rural et de la pêche maritime, le vétérinaire des armées, qui exécute les opérations de prophylaxie collective dirigées par l'Etat et les opérations de police sanitaire sur les animaux appartenant au ministère de la défense, est tenu informé, par le commandant de la formation administrative dont relève l'enceinte militaire, de toute détention d'animaux appartenant ou non à des unités relevant du ministère de la défense.
Pour les animaux assujettis à des mesures de prophylaxie collective, séjournant de manière permanente ou occasionnelle à l'intérieur des enceintes militaires mais n'appartenant pas à une unité relevant du ministère de la défense, la réalisation des opérations de prophylaxie collective est assurée par le vétérinaire sanitaire habilité par l'éleveur ou le détenteur des animaux en application de l'article R. 221-9 du code rural et de la pêche maritime. Ces opérations restent à la charge de l'éleveur ou du détenteur des animaux.
Lorsque, dans une enceinte militaire, est suspectée ou mise en évidence une des maladies des animaux mentionnées à l'article L. 223-2 ou à l'article L. 223-4 du code rural et de la pêche maritime, nonobstant les obligations de déclaration au préfet qui lui incombent par ailleurs, le commandant de la formation administrative dont relève cette enceinte informe, sans délai, le vétérinaire des armées territorialement compétent.

Les mesures prévues à l'article R. 223-9 du code rural et de la pêche maritime sont établies et prescrites par le service de santé des armées, au titre des compétences vétérinaires qui lui sont rattachées.
Dans ce cadre, les vétérinaires des armées veillent à l'application des mesures de police sanitaire pour les animaux appartenant au ministère de la défense, notamment lors du retour sur le territoire national d'unités provenant des théâtres d'opérations extérieures. Ils rédigent et authentifient les pièces et les certificats sanitaires prévus par les dispositions réglementaires nationales et communautaires attestant, chaque fois que nécessaire, l'application des opérations de prophylaxie médicale et sanitaire requises.
Pour tout retour sur le territoire national d'unités provenant des théâtres d'opérations extérieures, le service de santé des armées établit, pour les autorités administratives compétentes du ministère de la défense, un plan opérationnel de maîtrise des risques sanitaires qui fixe, en présence de dangers identifiés, les mesures de santé publique vétérinaire que doivent prendre les unités. Ces mesures sont établies en concertation avec les services compétents du ministère de l'agriculture et de la pêche.