Lorsque, du fait d'un manquement aux dispositions mentionnées à l'article L. 231-1 du code rural ou à la réglementation prise pour leur application, un établissement ou un organisme placé sous l'autorité ou sous la tutelle du ministre de la défense présente ou est susceptible de présenter une menace pour la santé publique, le vétérinaire des armées territorialement compétent peut prescrire, au commandant de la formation administrative dont relève l'établissement ou l'organisme, la réalisation de travaux, d'opérations de nettoyage, d'actions de formation du personnel et d'autres mesures correctives, ainsi que le renforcement des autocontrôles. Le cas échéant, un délai peut être imparti pour remédier à ces manquements.
En cas de nécessité, le ministre de la défense ou l'autorité compétente par délégation peut prononcer, sur proposition du vétérinaire des armées territorialement compétent, la fermeture de tout ou partie de l'établissement, l'arrêt d'une ou de plusieurs de ses activités ou toute autre sanction administrative. Dans ce cas, la proposition du vétérinaire des armées territorialement compétent, transmise par voie hiérarchique, est notifiée par le directeur central du service de santé des armées au ministre de la défense ou, le cas échéant, à l'autorité compétente par délégation.

En application des dispositions de l'article L. 231-2-1 du code rural et conformément l'article 3 du règlement (CE) n° 882/2004 du 29 avril 2004, les contrôles officiels effectués par les vétérinaires et les techniciens vétérinaires du ministère de la défense sont réalisés sans préavis, sauf lorsque le vétérinaire des armées territorialement compétent juge qu'une notification préalable de ce contrôle auprès du responsable d'établissement ou d'organisme est nécessaire.
L'autorité militaire territorialement compétente ou le commandant de la formation administrative prennent toutes les mesures pour que le vétérinaire des armées et le technicien vétérinaire aient accès, sans préavis, à tous les lieux et moyens de transport où des produits d'origine animale, denrées alimentaires ou aliments pour animaux sont produits, travaillés, transformés, manipulés, entreposés, transportés ou distribués, dans les conditions prévues à l'article L. 231-2-1 précité.
Lors du contrôle officiel, les vétérinaires des armées et les techniciens vétérinaires peuvent demander la communication, obtenir ou prendre copie, par tout moyen et sur tout support, des documents professionnels de toute nature propres à faciliter l'accomplissement de leurs missions de contrôle.