Le responsable de la mission VIGISEXISME est nommé par le secrétaire général du Gouvernement.
Pour la mise en œuvre de ses prérogatives, la mission s'appuie sur les services de la direction des services administratifs et financiers des services du Premier ministre.
A l'initiative de son responsable, la mission peut se réunir en formation collégiale, dont la composition comprend au moins le responsable de la mission, le directeur des services administratifs et financiers ou son représentant, le référent en matière d'agissements sexistes et de violences à caractère sexuel élu par le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail.
En tant que de besoin, la mission réunie en formation collégiale pourra faire appel à tout expert.