Les praticiens-conseils nouvellement recrutés bénéficient d'une formation théorique et pratique. Le programme de la formation théorique est défini et organisé conjointement par les caisses nationales. Sa mise en oeuvre est confiée à l'Ecole nationale supérieure de sécurité sociale, qui est chargée de dispenser aux praticiens-conseils une formation adaptée aux missions du contrôle médical et à l'activité de ces personnels, sur la base d'une convention passée avec chaque caisse nationale. Le programme de la formation pratique est défini et organisé par chaque caisse nationale. Le secrétariat général des ministères chargés des affaires sociales est consulté lors des phases de définition et d'organisation de la formation théorique et pratique des praticiens conseils, afin de prendre en compte les besoins des agences régionales de santé.