Le scrutin se déroule sur une journée selon un horaire arrêté par le recteur, après consultation de la commission électorale.
Les bureaux de vote sont implantés dans les locaux du centre régional des œuvres universitaires et scolaires. La présidence et la vice-présidence de ces bureaux sont assurées par des personnels du centre régional des œuvres universitaires et scolaires désignés conjointement par le recteur et par le directeur général du centre régional. Chaque liste de candidats désigne un assesseur choisi parmi les électeurs.
Des sections de vote peuvent être implantées dans les établissements et sections d'établissements mentionnés au 1° de l'article R. 822-2 du code de l'éducation, sur décision du recteur, après consultation du directeur général du centre régional des œuvres universitaires et scolaires, des présidents ou directeurs des établissements d'enseignement supérieur concernés et de la commission électorale. L'organisation et le fonctionnement de ces sections de vote sont assurés par le personnel de l'établissement auprès duquel elles sont implantées, ou par les personnels du centre régional.