Une surveillance des boues de l'installation de production est également réalisée. Cette surveillance correspond à celle réalisée dans le cadre de suivi des boues destinées à un épandage agricole. Dans le cas où les boues ne font pas l'objet d'un épandage agricole, elle consiste en un suivi de la qualité des boues produites à raison d'au moins quatre analyses par an, pour les paramètres figurant aux tableaux Ia et Ib de l'annexe I de l'arrêté du 8 janvier 1998 fixant les prescriptions techniques applicables aux épandages de boues sur les sols agricoles, à l'exception des traitements par lagunage et par filtres plantés de roseaux qui font l'objet d'une analyse annuelle dans la lagune finale ou par carottage.
L'arrêté préfectoral d'autorisation définit les modalités de constitution des échantillons de boues nécessaires à leur analyse.