La cinquième sous-direction est chargée des budgets de la défense, de la sécurité et de l'administration gouvernementale, générale et territoriale de l'Etat ainsi que des relations avec les collectivités territoriales.
Elle assure la synthèse des travaux budgétaires relatifs aux ministères ou aux organismes chargés de la défense, des anciens combattants, de l'intérieur, des services du Premier ministre et des collectivités locales. Elle suit les questions relatives aux administrations publiques locales et aux relations entre l'Etat et les collectivités locales.