La sous-direction des affaires européennes est chargée, dans le domaine de compétences du ministère, du suivi et de la coordination des affaires européennes, tant communautaires que bilatérales. Elle veille à la cohérence de l'action du ministère dans ce domaine. Elle assure les relations entre le ministère et le Parlement européen.

Elle contribue à la prise en compte des évolutions du contexte européen dans l'élaboration de la stratégie du ministère. A cet effet, elle anime la réflexion et initie des études en coordination avec la mission de la stratégie, à laquelle elle apporte son expertise et son conseil.

La sous-direction des affaires européennes comprend :

des chargés de mission géographiques qui assurent la coordination et la gestion des relations bilatérales avec les pays de l'Union européenne ainsi qu'avec l'Islande, la Norvège et la Suisse ; ils préparent en outre les rencontres et sommets bilatéraux et les négociations relatives aux élargissements de l'Union européenne. Ils sont chargés, pour les questions communautaires, d'assurer le suivi des positions des pays de leur zone et de préparer les présidences de l'Union européenne ;

un bureau des questions communautaires, qui coordonne et contribue à déterminer, en liaison avec les directions sectorielles, les positions du ministère sur les politiques européennes dans les domaines relevant de la compétence du ministère. Il assure notamment, pour le ministère, le suivi des questions institutionnelles, de dossiers juridiques et transversaux ;

un bureau de la formation et de l'information, qui organise des actions de formation et assure la diffusion de l'information sur l'Europe et les questions communautaires à destination des agents du ministère, gère les moyens de la sous-direction et fournit des prestations de traduction de documents.