Un bureau de vote est institué auprès du directeur de la direction départementale interministérielle.
Des sections de vote, chargées de recueillir les votes, peuvent être instituées auprès des chefs de service.
Le bureau de vote et les sections de vote sont composés d'un président et d'un secrétaire désignés par le directeur ainsi que, le cas échéant, d'un délégué de chaque organisation syndicale candidate.

Le vote a lieu à l'urne ou par correspondance, à bulletin secret, sur sigle et sous enveloppe. Les opérations électorales se déroulent publiquement dans les locaux de travail.
Les bulletins de vote et les enveloppes sont établis aux frais de l'administration selon un modèle type.
Il est fait mention sur le bulletin de vote de l'appartenance éventuelle de l'organisation syndicale, à la date du dépôt des candidatures, à une union de syndicats à caractère national.
Le matériel de vote comprend un bulletin de vote pour chaque organisation syndicale candidate, la profession de foi rédigée par chacune d'elles et un jeu d'enveloppes.
Ce matériel est adressé aux électeurs au moins quatorze jours avant la date du scrutin.

Sont admis à voter par correspondance les agents qui n'exercent pas leurs fonctions au siège du bureau ou d'une section de vote ou ceux qui sont en congé de maladie, en congé de longue maladie, en congé de longue durée ou en congé parental, ainsi que ceux qui sont en position d'absence régulièrement autorisée et ceux qui sont empêchés, en raison des nécessités du service, de se rendre au bureau ou à la section de vote le jour du scrutin.

En cas de vote par correspondance, l'électeur insère son bulletin de vote dans une première enveloppe, dite enveloppe n° 1. Cette enveloppe, fournie par l'administration, ne doit porter aucune mention ni aucun signe distinctif. L'électeur place ensuite cette enveloppe, qui peut ne pas être cachetée, dans une deuxième enveloppe, dite enveloppe n° 2, sur laquelle il appose sa signature ainsi que ses nom, prénom et affectation. Il place enfin cette enveloppe n° 2, obligatoirement cachetée, dans une troisième enveloppe, dite enveloppe n° 3, qu'il cachette et qu'il adresse par voie postale au bureau de vote dont il dépend. L'enveloppe n° 3 doit parvenir au bureau de vote dont dépend l'électeur au plus tard le jour du vote, avant l'heure de clôture du scrutin.