Les centres d'initiation à l'enseignement supérieur sont dirigés par un enseignant-chercheur nommé pour une période de deux années, renouvelable une fois, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis des présidents des universités concernées.

Le directeur est assisté par un conseil de direction qui s'assure du bon fonctionnement du centre d'initiation à l'enseignement supérieur et donne son avis sur ses orientations générales.

Le conseil de direction, placé sous la présidence du directeur du centre, se réunit au moins une fois par an sur convocation du président qui fixe l'ordre du jour.

Il comprend les présidents d'université et les directeurs des établissements relevant de l'article 34 de la loi n° 84-52 du 26 janvier 1984 susvisée ressortissant au champ de compétence géographique du centre.

Les recteurs assistent aux séances.

Dans le cadre de sa mission de formation des allocataires moniteurs, le directeur est assisté par un comité pédagogique, prévu par l'article 4 de l'arrêté du 23 novembre 1990 susvisé qui en détermine la composition.

Le comité pédagogique se réunit au moins deux fois par an sur convocation du directeur du centre qui en assure la présidence et en fixe l'ordre du jour.

Le comité pédagogique doit notamment être consulté sur l'organisation, le contenu et l'évaluation des stages prévus par l'arrêté du 23 novembre 1990 susvisé, ainsi que sur la désignation des tuteurs.

Les directeurs de centre d'initiation à l'enseignement supérieur transmettent chaque année au ministre chargé de l'enseignement supérieur un rapport sur les différents aspects de l'activité du centre. Ils contribuent à la capitalisation des acquis du centre d'initiation à l'enseignement supérieur et en assurent la conservation.