La sous-direction de la tutelle stratégique exerce la tutelle sur les établissements publics et organismes relevant du ministre chargé de la recherche dans toutes ses dimensions. Pour ce faire, elle participe aux instances de gouvernance de ces opérateurs.

Pour l'analyse budgétaire, financière et comptable des organismes de recherche, elle exerce une autorité fonctionnelle sur la structure chargée des questions budgétaires, financières et comptables des opérateurs de l'enseignement supérieur et de la recherche, rattachée à la direction des affaires financières.

Elle assure la préparation avec les organismes de recherche des contrats pluriannuels d'objectifs, de moyens et de performance.

Elle propose les évolutions du cadre juridique et de l'organisation des organismes de recherche.

Elle coordonne et pilote la politique en matière d'infrastructures de recherche. A ce titre, elle définit les priorités nationales pour les grands équipements scientifiques, dont ceux portés par des organisations internationales.