La sous-direction des moyens de l'enseignement supérieur est chargée de l'élaboration, du suivi et de la synthèse des programmes budgétaires relatifs aux formations supérieures, à la recherche universitaire et à la vie étudiante. Elle élabore les volets financiers des réformes touchant les politiques et les établissements d'enseignement supérieur.

Elle alloue les moyens et pilote la gestion prévisionnelle des emplois du programme formations supérieures et recherche universitaire.

Elle assure la transparence du financement des établissements à travers l'allocation des moyens ainsi que le suivi de leur situation financière. Elle procède à l'analyse financière et économique des établissements d'enseignement supérieur sous tutelle du ministère.