La procédure de recueil du signalement émis par un agent comprend trois phases :

- la phase d'examen de recevabilité du signalement : cette phase doit permettre la vérification du respect du périmètre de l'alerte, de la bonne foi de l'auteur du signalement et de sa connaissance directe des faits ;
- la phase de vérification de la véracité des faits : cette phase peut comporter des échanges avec l'auteur du signalement ;
- la phase de traitement : transmission aux autorités compétentes ou clôture de la procédure.

L'auteur du signalement est informé par le destinataire du signalement, régulièrement et tout au long de la procédure, des suites données à son alerte ainsi que des délais prévisibles du traitement qui ne sauraient excéder trois mois.