L'aumônier en chef assure la coordination de l'activité des aumôniers de son culte, ainsi que la liaison entre les autorités militaires et les autorités religieuses.
Il est le conseiller particulier du chef d'état-major des armées, qui met à sa disposition les moyens nécessaires à sa mission.
Il soumet à la direction centrale du service de santé des armées toute proposition nécessaire à la gestion des aumôniers de son culte.