Les membres du Conseil scientifique supérieur élisent pour chaque section au scrutin uninominal majoritaire un bureau composé d'un président élu parmi les professeurs et d'un vice-président élu parmi les maîtres-assistants.
S'ils ne peuvent siéger, la présidence est assurée par le professeur le plus ancien dans la classe la plus élevée.
Ce bureau est élu pour la durée du mandat du Conseil scientifique supérieur.
Le président du Conseil scientifique supérieur est élu au scrutin uninominal majoritaire à la première réunion plénière du Conseil scientifique supérieur.

Les réunions du Conseil scientifique supérieur ont lieu soit en formation plénière, soit en section, soit en sous-section, soit en groupe de sections. Des sous-sections relevant de sections différentes peuvent être appelées à siéger ensemble pour l'examen des mesures individuelles relatives à la carrière des enseignants.
Le Conseil scientifique supérieur siège en section pour l'examen des questions concernant le corps des maîtres-assistants et en sous-section des professeurs pour l'examen des questions concernant le corps des professeurs.
Les demandes de modification de rattachement à une section du Conseil scientifique supérieur sont soumises aux deux sections compétentes qui transmettent leur avis au ministre qui statue.
Le Conseil scientifique supérieur examine en formation plénière, une fois par an, les rapports d'activité des différentes sections.
Les sous-sections, sections, groupes de sections et formation plénière du Conseil scientifique supérieur sont consultés en tant que de besoin par le ministre chargé de l'architecture.
Les séances ne sont pas publiques.
Des personnalités peuvent être entendues en qualité d'experts.

Le président du Conseil scientifique supérieur ou d'une des sections arrête l'ordre du jour et convoque les participants au moins quinze jours avant la séance.
Une formation du Conseil scientifique supérieur ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres appelés à se prononcer est réunie.
Si le quorum n'est pas atteint, une deuxième convocation est envoyée dans un délai de quinze jours.
La formation peut alors valablement siéger quel que soit le nombre des présents.

Les votes du Conseil scientifique supérieur sont émis à bulletins secrets.
Toutefois, le scrutin à main levée peut être décidé à l'unanimité des membres présents, sauf pour les questions relatives à la carrière des enseignants. Les décisions du Conseil scientifique supérieur se prennent à la majorité relative.