Le directeur du service est nommé par arrêté du ministre de l'économie, des finances et de l'industrie, sur proposition de la directrice du budget et du directeur général de la comptabilité publique.
Il définit le fonctionnement interne du service qui est organisé en départements. Il assure la gestion des moyens alloués au service et passe les marchés nécessaires à l'exercice de ses missions.
Il peut être assisté d'un directeur adjoint.