Un protocole peut être établi par le responsable de la fonction financière ministérielle et le contrôleur budgétaire et comptable ministériel pour préciser les modalités pratiques d'application du présent arrêté.
Compte tenu des règles budgétaires et comptables spécifiques applicables au budget annexe « Contrôle et exploitation aériens », les dispositions du présent arrêté applicables aux programmes 612 « Navigation aérienne », 613 « Soutien aux prestations de l'aviation civile » et 614 « Transports aériens, surveillance et certification » peuvent être adaptées par convention conclue entre le représentant de la direction générale de l'aviation civile et le contrôleur budgétaire et comptable ministériel, après accord de la direction du budget.