Le conseil d'instruction est saisi par le président.
Lorsqu'il est consulté sur des propositions de redoublement d'une année scolaire ou d'exclusion définitive de l'école en cas de résultats scolaires ou militaires liés à la NAVM insuffisants, de changement d'orientation ou d'échec à l'examen du baccalauréat, le dossier est préparé par le bureau examens recrutement et comprend les pièces suivantes :

- un relevé individuel de sanctions ;
- la notification de convocation devant le conseil d'instruction ;
- un avis sur la manière de servir rédigé par le proviseur ou son représentant ;
- un avis sur la manière de servir rédigé par le commandant de l'escadron d'encadrement et de formation militaire ou son représentant ;
- les justificatifs des résultats scolaires et militaires obtenus par l'élève concerné ;
- le récapitulatif des fiches d'observation et des points négatifs obtenus par l'élève concerné depuis son entrée à l'école ;
- toute pièce attestant d'échanges entre le personnel de l'encadrement de l'école, l'élève concerné et sa famille.

Lorsqu'il est consulté sur une proposition d'exclusion définitive de l'école en cas de résultats militaires liés au CAM insuffisants, le dossier est préparé par l'escadron d'encadrement et de formation militaire et comprend les pièces suivantes :

- un relevé individuel de sanctions ;
- la notification de convocation devant le conseil d'instruction ;
- un avis sur la manière de servir rédigé par le proviseur ou son représentant ;
- un avis sur la manière de servir rédigé par le commandant de l'escadron d'encadrement et de formation militaire ou son représentant ;
- les justificatifs des résultats militaires liés au CAM obtenus par l'élève concerné.

Lorsqu'il est consulté sur une proposition de dispense du remboursement des rémunérations perçues par un élève et dans le cas où le commandant de l'école considère que la rupture de l'engagement n'est pas imputable à l'élève, le dossier est préparé par le bureau examens recrutement et comprend les pièces suivantes :

- la notification de convocation devant le conseil d'instruction ;
- un avis sur la manière de servir rédigé par le proviseur ou son représentant ;
- un avis sur la manière de servir rédigé par le commandant de l'escadron d'encadrement et de formation militaire ou son représentant ;
- tout justificatif en appui de la rupture d'engagement non imputable à l'intéressé.

Après avoir procédé à l'examen de chaque dossier soumis à l'avis du conseil, le président du conseil d'instruction convoque les membres et l'élève concerné à la réunion du conseil. Cette réunion ne peut avoir lieu avant l'expiration d'un délai de deux jours ouvrés à compter de la date de notification de la convocation.
En cas d'absence d'un membre avec voix délibérative, le conseil d'instruction ne peut siéger. Le président convoque de nouveau tous les membres dans un délai de deux jours. L'absence d'un membre avec voix consultative ne peut en aucun cas empêcher la tenue du conseil d'instruction.
La convocation comporte :

- la date et l'heure de la tenue du conseil d'instruction ;
- le lieu de la séance ;
- la liste des membres avec voix délibérative et la liste des membres avec voix consultative ;
- l'ordre du jour.

L'élève concerné est, dans tous les cas, convoqué par le conseil d'instruction. A sa demande, il peut être assisté par un membre, civil ou militaire, de l'encadrement de l'école.
L'élève et, le cas échéant, la personne qui l'assiste, peuvent consulter les pièces du dossier constitué pour la circonstance. Ce dossier est consulté sur place, au sein du bureau en charge de sa préparation.

Lorsqu'un élève est présenté devant le conseil d'instruction, les membres de celui-ci posent des questions à l'élève concerné et, le cas échéant, à la personne qui l'assiste. L'élève et la personne qui l'assiste peuvent présenter leurs observations et poser des questions aux membres du conseil.

Le conseil d'instruction délibère à huis-clos, hors de la présence de l'élève et, le cas échéant, de la personne qui l'assiste.
L'avis du conseil d'instruction est émis à la majorité des voix. Les membres avec voix délibérative ne peuvent s'abstenir de voter.
Le président informe les membres du conseil qu'ils sont tenus au secret des délibérations.

Un procès-verbal comportant l'avis du conseil d'instruction est établi dès la fin de la séance et signé par tous les membres du conseil avec voix délibérative. Il est transmis sans délai, avec les pièces du dossier, au commandant de l'école, président.
L'avis du conseil ne lie pas le commandant de l'école, qui peut prononcer une décision plus favorable ou moins favorable. Dans les deux cas, la décision est motivée.

L'avis du conseil d'instruction et la décision signée par le commandant de l'école d'enseignement technique de l'armée de l'air et de l'espace ou par le directeur de l'internat sont transmis à l'élève et à son(ses) représentant(s) légal(aux).
La décision leur est notifiée dans les formes réglementaires.