Les directeurs de domaines d'études sont chargés d'animer et de superviser les activités de leurs domaines respectifs, sous l'autorité du directeur scientifique et de l'ensemble de l'équipe de direction.
Ils sont soit universitaires en possession d'une habilitation à diriger des recherches, soit officiers de carrière brevetés de l'enseignement militaire supérieur ou détenteurs d'une expertise équivalente dans le domaine de la recherche stratégique.
Ils sont nommés par le directeur de l'institut, après avis du conseil scientifique.