Les hydrogéologues agréés en matière d'hygiène publique sont chargés d'émettre des avis dans le cadre des procédures définies par les réglementations en vigueur concernant la protection des eaux utilisées pour la production d'eaux destinées à la consommation humaine, y compris des eaux minérales naturelles.

Pour chaque demande d'avis, l'hydrogéologue agréé est choisi par le directeur général de l'agence régionale de santé, sur proposition de l'hydrogéologue agréé coordonnateur, en fonction de sa spécialisation et de ses disponibilités. Il ne peut être désigné s'il a contribué lui-même à l'établissement des dossiers de demande d'avis ou si l'organisme qui l'emploie est intervenu au cours des études préalables.
L'hydrogéologue agréé désigné déclare à l'hydrogéologue agréé coordonnateur, le cas échéant, les liens d'intérêts relatifs au dossier qui lui est confié.

L'hydrogéologue agréé émet son avis sous la forme d'un rapport écrit et informatisé, établi au vu des informations contenues dans le dossier qui lui a été communiqué et des observations qu'il a recueillies sur le terrain. S'il juge le dossier incomplet, il indique au directeur général de l'agence régionale de santé et à l'hydrogéologue agréé coordonnateur la nature des données qui doivent lui être communiquées, dans les plus brefs délais, pour lui permettre d'élaborer son avis.
Il transmet son rapport au pétitionnaire et en adresse un exemplaire au directeur général de l'agence régionale de santé et à l'hydrogéologue agréé coordonnateur.

Lorsqu'un hydrogéologue agréé n'a pas rendu un avis avant la fin de la période d'agrément, le directeur général de l'agence régionale de santé peut soit prolonger la période d'agrément de l'hydrogéologue concerné, en vue de lui permettre, dans un délai fixé, de rendre l'avis demandé, soit lui demander la restitution immédiate du dossier qui n'a pas fait l'objet d'un avis.

L'hydrogéologue agréé coordonnateur est chargé de répartir les dossiers entre les hydrogéologues agréés du département ou de la région, d'assurer l'animation technique des hydrogéologues du département ou de la région et de les réunir annuellement. En cas de contestation d'un avis par le pétitionnaire, il peut procéder à un arbitrage technique dans un délai fixé par le directeur général de l'agence régionale de santé.
En cas d'empêchement ou de conflit d'intérêts, l'hydrogéologue agréé coordonnateur se fait remplacer par son suppléant.
Chaque année, l'hydrogéologue agréé coordonnateur adresse au directeur général de l'agence régionale de santé un bilan de l'activité exercée par les hydrogéologues agréés.
A la fin de la période d'agrément, l'hydrogéologue agréé coordonnateur rédige un bilan quinquennal des activités exercées et des conditions d'exercice en signalant les difficultés rencontrées au cours de la période par les hydrogéologues agréés.

Dans le cadre de ses missions, l'hydrogéologue agréé en matière d'hygiène publique s'engage :
1° A ne pas utiliser le titre d'hydrogéologue agréé en matière d'hygiène publique à des fins commerciales et publicitaires ni à titre personnel ni au titre de l'organisme dont il dépend ;
2° A refuser tout dossier pour lequel il serait intervenu ou serait susceptible d'intervenir ainsi que l'organisme qui l'emploie au titre de la maîtrise d'œuvre ou de la réglementation ;
3° A n'intervenir au titre d'hydrogéologue agréé en matière d'hygiène publique que sur demande du directeur général de l'agence régionale de santé ;
4° A instruire personnellement et dans le délai fixé par le directeur général de l'agence régionale de santé les dossiers qui lui sont communiqués, dès que ceux-ci sont complets ;
5° A demander un délai complémentaire d'instruction au directeur général de l'agence régionale de santé en cas de dépassement du délai fixé en justifiant les raisons de cette demande ;
6° A observer un devoir de réserve au sujet des dossiers transmis ;
7° A ne pas percevoir, pour chaque consultation, d'autres indemnités que celles prévues par la réglementation ;
8° A transmettre, pour chaque demande d'avis, dans le délai imparti par le directeur général de l'agence régionale de santé, un exemplaire du rapport au pétitionnaire, à l'hydrogéologue agréé coordonnateur et à l'agence régionale de santé ;
9° A participer à la réunion annuelle organisée par l'hydrogéologue agréé coordonnateur.