Au conseil d'administration, le nombre de sièges attribués aux représentants du personnel est de douze.
Dans chaque commission régionale, le nombre des représentants du personnel est de six, à l'exception de la commission régionale d'Ile-de-France, dans laquelle le nombre de représentants du personnel est fixé à douze.

Le vote au conseil d'administration et aux commissions régionales de la Masse des douanes est secret ; l'inobservation de ce principe entraîne la nullité du suffrage.

Les élections ont lieu au scrutin de liste, à deux tours, sans panachage ni vote préférentiel, avec représentation proportionnelle ; les listes présentées peuvent être incomplètes.

Au premier tour de scrutin, les listes sont présentées par les organisations syndicales de fonctionnaires représentatives. Si aucune liste n'est déposée pour le premier tour, ou si le nombre des votants au premier tour est inférieur à la moitié du nombre des électeurs repris sur les listes électorales, il est procédé à l'organisation d'un second tour de scrutin, pour lequel des listes peuvent être présentées par toute organisation syndicale.

Pour l'application des dispositions de l'article précédent, sont regardées comme représentatives :

1. Les organisations syndicales de fonctionnaires régulièrement affiliées à une union de syndicats remplissant les conditions définies à l'article 9 bis de la loi du 13 juillet 1983 susvisée ;
2. Les organisations syndicales de fonctionnaires satisfaisant, dans le cadre où est organisée l'élection, aux dispositions de l'article L. 133-2 du code du travail.
   Les organisations affiliées à une même union de syndicats de fonctionnaires ne peuvent présenter de listes concurrentes à une même élection.

La date des élections est fixée par le directeur de l'établissement. Elle est portée à la connaissance du personnel de la direction générale des douanes et droits indirects au moins trois mois à l'avance en utilisant les moyens de diffusion interne à la disposition de l'administration.

Les représentants du personnel au conseil d'administration et aux commissions régionales de la Masse des douanes sont élus pour trois ans. Leur mandat est renouvelable.
Lors du renouvellement du conseil d'administration ou d'une commission régionale, les nouveaux représentants du personnel entrent en fonctions à la date à laquelle prend fin le mandat des représentants auxquels ils succèdent.
Ce mandat peut cesser avant son terme de trois années, dans les circonstances suivantes :
- pour les représentants au conseil d'administration et aux commissions régionales :
- en cas de radiation des cadres, quel qu'en soit le motif ;
- en cas de renonciation de l'élu à son mandat ;
- pour les représentants aux commissions régionales, en cas de mutation dans une circonscription relevant d'une autre commission.