La site prend le nom de « Vallées de la Loire et de l'Allier entre Cher et Nièvre ».
Les 19 cartes au 1/25000 et la carte d'assemblage au 1/360000 annexées au présent arrêté abrogent et remplacent les cartes annexées à l'arrêté du 5 janvier 2006 portant désignation du site Natura 2000 « Vallées de la Loire et de l'Allier entre Mornay-sur-Allier et Neuvy-sur-Loire » (zone de protection spéciale) FR2610004. L'espace ainsi délimité s'étend :
Dans le département de la Nièvre :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : La Celle-sur-Loire, Challuy, la Charité-sur-Loire, Chevenon, Cosne-Cours-sur-Loire, Fourchambault, Garchizy, Germigny-sur-Loire, Gimouille, Imphy, Langeron, Livry, Marche, Mars-sur-Allier, Marzy, Mesves-sur-Loire, Myennes, Neuvy-sur-Loire, Nevers, Pouilly-sur-Loire, Saincaize-Meauce, Saint-Éloi, Sauvigny-les-Bois, Sermoise-sur-Loire, Tracy-sur-Loire, Tronsanges.

Dans le département du Cher :

- sur une partie du territoire des communes suivantes : Apremont-sur-Allier, Argenvières, Bannay, Beffes, Belleville-sur-Loire, Boulleret, la Chapelle-Montlinard, Couargues, Cours-les-Barres, Cuffy, Herry, Jouet-sur-l'Aubois, Léré, Marseilles-lès-Aubigny, Mornay-sur-Allier, Ménétréol-sous-Sancerre, Neuvy-le-Barrois, Saint-Léger-le-Petit, Saint-Satur, Sancerre, Sury-près-Léré, Thauvenay.